1話 誕生（eMergence）

アトランタの基地消滅から半年。リードたち残されたメンバーはワシントンDCで密かに暮らしながらアンディとポラリスの行方を追っていた。必死で捜すケイトリンやエクリプスをよそに、インナーサークルの権力者リーヴァのもとで何不自由ない暮らしを送るアンディとポラリス。そしてポラリスはついに出産の日を迎える。

2話 解放（unMoored）

サンダーバードはかつて自分を地下組織へ誘ったエヴァンジェリンの所へ向かう。エヴァンジェリンは情報の解読には手を貸したものの、リーヴァが相手と知ると組織の壊滅を恐れそれ以上の協力を拒否する。ローレンの夢を見るようになったアンディは訓練に集中できず失敗が続くが、ローレンのためにもなると諭され復調する。

3話 もつれた糸（coMplications）

エヴァンジェリンからエルグの存在を教えられたサンダーバードはブリンクと共に会いに行く。だがエルグは情報を教える見返りとしてブリンクに協力を求める。リードは車の運転中に突然力が現れて事故を起こし、ターナーに生存を知られてしまう。ポラリスは重症の黄疸に苦しむドーンを救うためエクリプスと会う決意をする。

4話 届かぬ思い（outMatched）

エクリプスらはインナーサークルの計画を突き止めようとワイヤーを訪ねる。しかし出迎えたのは兄弟のグラフだった。その後グラフのハッキングによりローナたちが精神科病院を襲撃していることが判明。サンダーバードたちは病院へ向かいローナやアンディを連れ戻そうとするが、どちらもかつての仲間を冷たく退けるのだった。

5話 襲撃の余波（afterMath）

ピュリファイアーの会合に出席したターナーは精神科病院から逃げたミュータントを捜そうと呼びかける。サンダーバードは救出したミュータントからインナーサークルが連れ去った患者はレベッカだと聞き出す。最初は周囲に心を閉ざしていたレベッカだが、アンディと心を通わせることでリーヴァらの計画に参加する決心をする。

6話 刻印（iMprint）

作戦内容を知らされず訓練ばかりのポラリスは不満を募らせ自分は外れると言い出す。そんなポラリスを説得するうちエスメは5姉妹だった頃の過去を話す。診療所のカルテを見てボルティモアに地下組織の基地があると確信したターナーは基地急襲の作戦を立てる。急襲から逃れる際に力を使ったリードは力が止まらなくなる。

7話 無情（no Mercy）

力が止まらないリードは閉鎖された診療所に身を隠す。基地急襲の立役者となったターナーは反ミュータントの立場を取るテレビ司会者のベネディクト･ライアンからセンチネル課の腐敗をテレビで暴くよう依頼される。インナーサークルは次の作戦を成功させるが人間に激しい憎悪を抱くレベッカが最後にとんでもない行動に出る。

8話 夢（the dreaM）

クリード銀行の行員を皆殺しにしたレベッカはポラリスとの言い争いからインナーサークルを離れる。激怒する世間やレベッカの存在に恐怖を感じたポラリスは昔自分を育ててくれたおばにドーンを託すことにする。一方、リードはシャーロット大学にいるマデリーン･ガーバー教授を訪ねることでようやく力の暴走が止まる。

9話 選手交代（gaMe changer）

マデリーンの研究がミュータントのＸ因子を絶滅させるためと知ったローレンたちは彼女の研究を葬り去る決心をする。アンディはリーヴァに閉じ込められたレベッカを救い出すが、過って彼女を殺してしまう。インナーサークルを追うサンダーバードはレジメンの社員を拉致したことがきっかけとなりピュリファイアーズに捕まる。

10話 敵の敵（eneMy of My eneMy）

サンダーバードを救出するため、エクリプスはポラリスに連絡を取る。拘束場所への侵入は困難と判断したポラリスとアンディが手を貸したことで救出は無事成功。役目を終えたポラリスはエクリプスにキスして立ち去る。サンダーバードが偽の情報で自分をからかったと思い込んだターナーは地下組織にさらなる憎悪を燃やす。

11話 忘れられない思い（meMento）

サンダーバードの救出から戻って以来、オルゴールに強い関心を示すローレン。ある時ふとしたはずみで先祖のアンドレアがオルゴールに隠した手紙と髪の束を発見する。一方、リーヴァのやり方に不満を感じたポラリスは彼女の計画を阻止すべくエクリプスと手を組むことを決意。リーヴァの計画を探るうちにある秘密を知る。

12話 帰るべき場所（hoMe）

リーヴァの目的を探るためインナーサークルに戻ったポラリスはエヴァンジェリンの殺害計画に気づく。直ちにエクリプスに伝えるものの、エヴァンジェリンは殺されてしまう。負け戦に挑むサンダーバードを見かねたブリンクは地下組織を去る決心をする。フロスト3姉妹はローレンを仲間にするためアンディを利用しようとする。

13話 誘われて（teMpted）

モーロックスで暮らすグロウが撃たれ瀕死の状態に陥る。彼女を助けるためブリンクはケイトリンを連れてくる。最初は反対していたエルグだが最後にはケイトリンに感謝する。インナーサークルの目的をつかもうとするポラリスは新メンバーのマックスから怪しい目で見られ始め、危険を感じたエクリプスがマックスを始末する。

14話 苦難の道（calaMity）

リーヴァはライアンを使いピュリファイアーズにモーロックスの地下道を急襲させる。皆を避難させようとするブリンクだったがターナーに撃たれ、ポータルに落ちて姿を消す。一方、ローレンはもう自分の運命から逃げないと決意し、薬は使わないと宣言する。その言葉を聞いたリードは自分も薬を中止することを決意する。

15話 モンスター（Monsters）

リードは路上で出くわしたウィルソンに自分がミュータントとバレたため思わず彼を殺してしまう。自分の心に潜む闇に思い悩むリード。だが、その事実をアンディに告白したことでアンディは皆の元へ帰ってくる。テロリストの基地だと思い込みモーロックスを襲撃したターナーは自分が騙されていたことを知り愕然とする。

16話 啓示（oMens）

リーヴァの命を受け、エスメらはアンディとローレンを拉致し、テレパスで操ってセンチネル課を破壊する。救出に来たリードたちは２人に殺されそうになるもポラリスの機転によって助かる。力の強要によりダメージを受けたローレンとアンディを休ませ、リードたちメンバーはリーヴァを倒すべくインナーサークルへ向かう。

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