1話 無法地帯

橋が爆破され立入禁止が宣言されてから無法地帯となったゴッサム・シティ。犯罪者や殺人者が幅を利かせ、力を持つ者が各エリアを縄張りにしていた。ゴッサム市警は本部の周辺を管理、150人ほどの住民を保護して食料を提供していたが、ある日、食料庫がスケアクロウに襲われ食料を盗まれてしまう。ゴードンは州政府に食料を届けるよう依頼するが…。

2話 街を蝕む悪

ゴッサム市警に助けを求めにきた少年ウィルは、自分と一緒に働かされている子供たちを助けてほしい、とゴードンに訴える。ゴードンはゴッサムじゅうのヴィランに命を狙われていたが、バーバラにトラックを借りてウィルが働かされていたという場所へ向かう。一方、脊椎を損傷して歩けなくなったセリーナのために、ブルースは魔女に会いに行く。

3話 ヘイブンのヒーロー

ゴッサム市警が安全地帯ヘイブンを用意したことを聞きつけた市民が、続々とヘイブンに集まってくる。ゴードンは、ギャングたちの争いを止めたいと願う。一方、すっかり元気になったセリーナは、自分を撃ったジェレマイアを捜すために病院を抜け出し、ブルースに協力を求める。ペンギンは、逃げた手下たちを取り返すためにヘイブンへやって来る。

4話 容疑者

ヘイブンが何者かに爆破され、多くの犠牲者が出る。犯人逮捕のために、ゴードンはペンギンと手を組むことになる。捜査の結果、爆発の原因は外からロケット弾を撃ち込まれたためだということがわかる。ルーシャスとの取引で爆発原因の解明に協力したニグマは、自分に関する恐ろしい事実を知る。そんな中、セリーナはついにジェレマイアを見つけ出す。

5話 真の敵

エドアルドが率いる軍隊がゴッサムへ救援にやって来る。ゴードンはロケット弾を購入したのがニグマだと知り、エドアルドと共にニグマのもとへ。ゴードンたちの手を逃れたニグマは、自分の奇行の原因はペンギンのせいだと気づく。ニグマが市庁舎に入ったという情報をつかんだゴードンは、ブロックとエドアルドを市庁舎へ向かわせる。

6話 第2段階

ニグマを殺せというエドアルドの命令を拒否したゴードンは、逆に命を狙われる。エドアルドの軍隊に対抗するため、ゴードンはブルースたちの協力を得たうえで、バーバラとニグマと手を組む。エドアルドは、レスリー・トンプキンスとニグマを交換することを提案する。一方ペンギンは、マグパイに盗まれたダイヤを取り戻すために、セリーナと手を組む。

7話 エース化学

胸に“Z”の文字が刻まれた男たちの遺体が発見され、ゴードンは捜査を開始する。アルフレッドが行方不明になり、ブルースは不眠不休で彼を捜す。通りで両親にそっくりな男女の人影を見つけたブルースが2人のあとを追っていくと、そこへアルフレッドとジェレマイアが現れる。一方セリーナは、ジェレマイアが手下にトンネルを掘らせていたことを思い出す。

8話 過去のあやまち

セイレーンで、引退した元刑事2人が殺される。容疑者はブロックの元相棒だった。真犯人を追うブロックの脳裏に過去の事件が蘇る。ブルースは、シェルターの地下道から逃げてきた女性に夫を捜してほしいと頼まれ、アルフレッドと共に地下道へ向かう。一方ニグマはペンギンと手を組み、ゴッサムから脱出するための潜水艦を作り始める。すると、そこに意外な人物が現れる。

9話 ゴードンの決意

限られた飲料水をめぐって争うゴッサムのギャングたち。州政府にゴッサム市警が機能しているところを示すために、ゴードンはギャングたちに休戦の提案をするが、その説得中に狙撃されてしまう。一方、ブルースとセリーナが2人でいるところにアイビーが現れ、ブルースに香水にかがせてどこかへ連れ去る。そんな中、ゴッサム市警本部の前にザーズが現れる。

10話 ベイン

ギャングたちの休戦が実現する。水の毒性レベルも下がってきたことで、ようやく本土からの支援がやって来るが、ゴードンとブルースの前に、ストレンジ教授によって改造され復活したエドアルドが現れる。ゴッサムを混乱に陥れた真の黒幕とその理由がついに明らかになり、ニグマの潜水艦が完成する。そんな中、妊娠中のバーバラが産気づく。

11話 ゴッサムを救え

ベインは軍隊を引き連れ、ゴッサムを破壊するという最終計画を実行に移す。ゴードンは、ベインの軍隊からゴッサムを死守することを決意する。一方、ナイッサ・アル・グールはバーバラとバーバラの赤ん坊を誘拐。バーバラから赤ん坊を奪い、自分がアル・グールの子として育てると宣言する。ブルースは、ゴッサムを守るためにウェイン産業のビルを爆破する。

12話 ビギニング

10年後のゴッサム。新たなウェイン・タワーの落成式のために、ブルースがゴッサムに帰ってくることになる。だが、落成式のパーティー会場には爆弾が仕掛けられていた。そして、バーバラとゴードンの娘が誘拐される。娘を助けに行ったゴードンは、誘拐犯の攻撃を受けて絶体絶命のピンチに…。その時、ゴッサムが求めていたヒーローが、ついに姿を現す。

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